日本-マレーシア間 直行便フライトについて
東京⇔クアラルンプール/コタキナバル間
羽田⇔クアラルンプール間は、全日空と格安航空会社（LCC）のエアアジアXの2社が直行便を運航しています。
※マレーシア航空は2023年9月17日より運休。
成田⇔クアラルンプール間は、マレーシア航空、日本航空、全日空、バティックエア・マレーシアの合計4社が直行便を運航しています。。
羽田⇔コタキナバル間は、マレーシア航空が2025年2月24日（月）
より直行便を運航します。
成田⇔コタキナバル間は、マレーシア航空が直行便を運航していましたが、現在、運休。
大阪⇔クアラルンプール間
大阪（関西国際空港）とクアランプールとの間は、マレーシア航空と格安航空会社のエアアジアXの合計2社が直行便を運航しています。
その他、バティックエア・マレーシア、エアアジアX
の2社が台北（桃園）を経由する便を運航しています。
なお、マレーシア航空の大阪（関西国際空港）⇔コタキナバル線は、2013年10月末から運休しています。
名古屋⇔クアラルンプール間
名古屋（中部国際空港）とのクアラルンプールとの間は、2023年3月30日よりバティックエアー・マレーシアが台北（桃園）を経由する便と、高雄を経由する便を運航しています。
福岡⇔クアラルンプール間
福岡とクアランプールとの間は、2019年2月28日（福岡発着は3月1日）からマレーシアの格安航空会社（LCC）のエアアジアXが直行便を運航していましたが、現在、運休。
札幌⇔クアラルンプール間
札幌（新千歳空港）とクアランプールとの間は、マレーシアの格安航空会社（LCC）のエアアジアXが直行便を運航しています。
沖縄・那覇⇔クアラルンプール間
沖縄・那覇とクアラルンプールとの間は、バティックエア・マレーシアが2023年8月16日より台北（桃園）を経由する便を運航しています。
日本⇔マレーシア間 国際線 乗り継ぎ便
マレーシアの各都市に飛行機で訪れる際には、直行便の他に香港、バンコク、シンガポール、ソウルなど他のアジア都市で乗り継ぎを行うルートもあります。
香港に拠点を置くキャセイパシフィック航空だと、東京、名古屋、大阪、札幌から、香港に飛び、香港で乗り継ぎでクアラルンプール、ペナン島、コタキナバル行きを同日接続で運航しています。
シンガポール航空の場合は、シンガポールで乗り継ぎでクアラルンプール、ペナン島へ同日接続の便があります。
また、同日接続ではありませんが、ランカウイ、コタキナバル行きの便も運航しています。
タイ国際航空は、東京、名古屋、大阪、福岡よりバンコク乗り継ぎでクアラルンプール、ペナン島行きを同日接続で運航しています。
大韓航空は、東京、名古屋、大阪、福岡、札幌、東北地方よりソウル乗り継ぎでクアラルンプール、コタキナバル行きを同日接続で運航しています。
アシアナ航空は、東京、名古屋、大阪、福岡、札幌、東北地方よりソウル乗り継ぎでコタキナバル行きを同日接続で運航しています。
